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번식 시기에는 암수가 짝을 이루고 수초나 자갈 틈에 알을 붙이며 안전한 장소를 선택하려는 경향이 강해요. 산란된 알은 물의 온도와 환경 변화에 민감하여 안정적인 조건에서 빠르게 부화 해요. 부화한 치어는 처음에는 매우 작고 연약하지만 성장 속도가 일정하여 시간이 지나면 성어와 비슷한 외형을 갖춰요. 성장 과정에서 군집을 이루는 경향이 있어 무리를 지어 다니며 먹이 활동을 해요. 이는 포식자로부터 생존 확률을 높이기 위한 행동으로 알려져 있어요. 일본붕어는 계절 변화에 민감해 여름에는 따뜻한 수온 속에서 활발하게 움직이며 겨울에는 깊은 곳이나 흐름이 적은 곳에서 활동을 줄여요. 또한 주변 환경에 맞춰 이동 반경을 조절하는 능력이 뛰어나 수질 변화나 수위 변화에 대응하며 자신에게 적합한 자리를 찾아요.먹이 구성은 매우 다양해 작은 곤충의 유충이나 조류성 물질뿐 아니라 바닥에 쌓인 유기물도 섭취하여 생태계 내에서 중요한 역할을 해요.